Проблемы «Метростроя» проявились во второй половине 2018 года: стало известно о том, что строитель городской подземки срывает сроки по оранжевой, фиолетовой и коричневой веткам метро, а на станциях «Новокрестовская» и «Беговая» были обнаружены более тысячи недоделок. К концу года налоговая инспекция заблокировала счета компании из-за найденных нарушений на сумму в 788,9 млн рублей, из-за чего у «Метростроя» возникли серьезные трудности с выплатой заработной платы рабочим. Ситуация поменялась, лишь когда вмешались городские власти.

При этом вплоть до января 2019 года Смольный обвинял компанию в неграмотном менеджменте и неправильных решениях. Та отвечала обвинениями в намеренном затягивании приемки и оплаты работ. Ситуация выправилась к марту 2019 года: «Метрострой» под давлением Смольного признал долг перед налоговой, а власти в свою очередь продлили с компанией контракты на строительство фиолетовой и оранжевой линий метро, добавив и времени, и денег.